中国最古の地理書で、動植物や空想的な妖怪、神々など古代中国各地の神話が記された「山海経（せんがいきょう）」をモチーフにした長編アニメーション。 海に浮かぶ島・崑崙（こんろん）に、どんな病気でも治せる病院・崑崙医館があった。ある時、そんな崑崙医館でも治すことができない謎の疫病・黒霊（こくれい）の感染が拡大。崑崙医の神医・白澤（はくたく）は、黒霊の治療のために奮闘するが、さらなる被害をもたらしてしまい、崑崙医館を追放されてしまう。しかし、そんな彼のもとに新たな黒霊患者が訪れてきたことから、白澤は黒霊の治療法を求めて冒険を繰り広げる。